Asegurar la operación segura y eficiente del Buque Oceanográfico Alpha Helix y las embarcaciones menores asignadas, para apoyar a la comunidad científica de CICESE y de otras instituciones de investigación nacionales e internacionales en el Golfo de México y el Océano Pacífico. Contribuir al avance del conocimiento científico, en conformidad con la Ley Federal del Mar y los más altos estándares de investigación oceanográfica.

Ser reconocidos como operadores líderes de embarcaciones oceanográficas a nivel regional, nacional e internacional, proporcionando servicios excepcionales en el Golfo de México y el Océano Pacífico. Facilitar el progreso de diversas disciplinas oceanográficas, en beneficio de la institución, la nación y la humanidad, promoviendo la excelencia científica y la sostenibilidad marina.